O fator de preenchimento é a percentagem da área do pixel sensível à luz. A situação ideal é 100%, quando os pixels ativos ocupam 100% da área do sensor. No entanto, os circuitos com registos de leitura e os circuitos anti-blooming reduzem este fator, nalgumas situações até 30%. O efeito dessa redução traduz-se numa menor sensibilidade e em efeitos de alising.
Para melhorar isso, muitos sensores com baixo fator de preenchimento (normalmente CCD com transferência interlinear) utilizam micro lentes que cobrem cada um dos pichéis incrementando a efetividade do fator de preenchimento.